Федеральный Заказник «Цейский» целиком располагается в междуречье Ардона и Фиагдона. Для заказника характерен горный рельеф с глубокими ущельями, типичные горные породы — известняки, доломиты и мергели, возраст которых 100 и более миллионов лет. В них сохранились окаменелые останки древних морских животных. Высоты от 650 до 3438 м (гора Кариухох) над уровнем моря.Территория охватывает три параллельно и субширотно протянувшихся хребта, севернее Бокового – Скалистый, Пастбищный (среднегорная зона, 57%) и Лесистый (низкогорная зона, 31%), представляющие собой куэсты. Их асимметричные (несоразмерные) гряды без современного оледенения, где один склон крутой, а другой пологий, расчленены реками на отдельные массивы и разделены межгорными понижениями. Скалистый и Пастбищный хребты более несоразмерны, осложнены карстовыми формами рельефа в известняковых скальных толщах. Высокогорный характер имеют только господствующие вершины Скалистого хребта: Кариухох (3439 м), Дассар (2919 м), Хумаратхох (2565 м), Касаныбарзонд (2438 м), Моравхох (2016 м) и др., на, в целом, сглаженном и платообразном фоне его верхней трети. Хребты севернее Скалистого – Пастбищный и Лесистый, сложенные соответственно карбонатными и осадочными породами, называют еще «черными» горами, поскольку они большей частью не поднимаются выше границы леса. Высшие точки Пастбищного хребта в пределах заказника: Ольдуханхох (1818 м), Жигар (1046 м). Лесистый хребет имеет мягкие округлые очертания. Высота его в среднем 800-900 м, но отдельные вершины поднимаются выше 1000 м, как Гагаборс (1012м).
Климат умеренно-континентальный.Куэстовый климатический район охватывает Лесистый, Пастбищный и северный склон Скалистого хребта. Северная граница района проходит по подошве Лесистого хребта на высотах 600-750 м, а южная по гребню Скалистого хребта с отметками высот 2016-3439 м н.у.м. В климате района отчетливо прослеживается вертикальная зональность. Если у подножия Лесистого хребта (600-800 м) среднегодовая температура составляет 8,20, то на северных склонах Скалистого хребта (более 3000 м), она опускается до – 2,50. Такова же зависимость сумм положительных температур. Характеристики зимнего периода с высотой приобретают устойчивый характер. С высотой количество осадков увеличивается.Выпадает до 1000 мм осадков в год.