Для заповедных территорий характерно большое разнообразие флоры и растительности, что обусловлено пестротой природных условий и геологической историей, в частности в Алагирском, Куртатинском и Дигорском и других ущельях республики.
В распределении растительного покрова хорошо выражена высотная поясность: нижний (лесной), средний (субальпийский) и верхний (альпийский) и самый верхний (субнивальный и нивальный).
В состав флоры входит более 1500 видов высших сосудистых растений. Основу составляют кавказские виды, есть реликты третичного периода, степные элементы, представители лесной и арктической флоры. В составе флоры преобладают травянистые виды, а также около 100 видов деревьев, кустарников и полукустарников.
В лесном поясе представлены широколиственные, мелколиственные и хвойные леса. Широколиственные буково-грабовые леса образованы буком восточным и грабом кавказским с примесью видов лип, ильма, ясеня и др. На известняковых хребтах встречается краснокнижный вид тис ягодный. Он входит лишь в подлесок и самостоятельных насаждений не образует. Небольшие его рощи можно увидеть в урочище «Шуби» заповедника и заказнике «Цейский».
Мелколиственные леса образованы в основном березой Литвинова и включенной в Красные книги России и РСО-Алания березой Радде отличающейся розоватой и даже темной корой, что необычно для берез. В этих лесах как примесь встречаются рябина обыкновенная, ива кавказская, ольха серая.
Один из основных типов леса – леса из сосны Коха. В виде небольшой примеси в них встречаются клен равнинный, или полевой, береза Литвинова, осина, ива, можжевельник, азалия. Из травянистых растений в сосняках преобладают злаки, растут также купена, водосбор, валериана и др.
Особого внимания заслуживают отдельные деревья ели восточной (Билагидонское и Бартуйское ущелья, восточные склоны г. Кубус) и пихты кавказской (Караугомское ущелье), растущие здесь на границе ареала и включенные в Красную книгу РСО-Алания.
На опушках и полянах пышно развивается высокотравная растительность из дудников, борщевиков, короставника, телекии, мордовника, аконитов и др.
Для верхне-лесного пояса характерны криволесья из берез Литвинова и Радде. Они приурочены к наиболее скалистым гребням гор и верхней границе леса, которая в последние годы в связи с отступанием ледников поднимается выше. По лавинным лоткам также можно увидеть прижатые под тяжестью снега к земле березы и сломанные лавинами сосны.
Леса, как и субальпийские и альпийские луга имеют большое эстетическое, научно-познавательное и экологическое значение. Среди лугов преобладают разнотравные, а также образованные овсяницей Воронова. Для горных лугов характерна их красочность и наличие многих высоко декоративных растений (буквица, ятрышники, ветреницы, горцы, примулы, фиалки и др.). Большие площади занимают заросли рододендрона кавказского. Неповторимы они при цветении.
Верхние пояса гор образуют низкотравные луга, несомкнутая растительность скал и осыпей. Скальная растительность занимает верхний предел распространения растительности вообще. Наиболее типичны и обильны здесь манжетки, колокольчики, камнеломки, крупки и др.
Еще выше, на вершинах и гребнях хребтов покрытых снегом и льдами, почва и высшие растения отсутствуют. Из растительных организмов встречаются только водоросли, а на скалах тонкие корочки лишайников.
К редким видам относятся – пихта Нордмана, подснежник узколистный, псевдомускари голубой, хмелеграб обыкновенный, эфедра рослая, ятрышник мужской, лютик трехлистный, смолевка Акинфиева, подмаренник Буша и др.
На территориях отмечено более 130 видов шляпочных грибов. Наиболее многочисленны белый гриб, подосиновик, подберезовик, масленок, сыроежка и др.
Самые верхи гор заняты ледяной пустыней из ледников и фирновых полей.
